江户时代，佛教受幕府的支持而兴盛一时，其影响甚至连天皇也形同虚设。很多精美奢华的寺院建筑在这一时期应运而生。但到了明治维新时期，天皇复辟，重新执掌治国大权，佛教的好运不再。明治元年，天皇颁布「神佛判然令」，尊神道为国教，借此打压佛教。当时全日本掀起了一股「废佛毁释」热潮，大批佛教建筑因此被毁，其中包括始建于公元710年、重修于1426年的奈良兴福寺五重塔。塔内所藏古籍经卷一部分被附近的漆器铺捡回去当了包装纸，剩下的则一把火一烧了之。这还不算，后又以妨碍交通为由，索性把兴福寺的围墙也给扒了，最后成为了现在的奈良公园。

去过日本的都知道，日本各地有很多的「城」，一种类似于堡垒的建筑群，外有城墙和护城河保护。德川幕府时期，为便于管理，规定一国只留一城，于是拆了一批。到了明治六年，因担心谋反者可能会据城固守，天皇颁布「废城令」，就又拆了一批。作为城内主体建筑的「天守阁」，现在全日本大约只有十二座，其中有相当一部分为近现代所重建，比如大阪城的天守阁，真正的古建所剩无几。

姬路城现在属于日本的国宝级文物、世界文化遗产。但在明治十年，姬路城曾以相当于当时一个普通警察四五个月工资的价格出售给了一个商人。而这个商人买下姬路城，只是想拆些材料另作他用。后来仅仅因为嫌拆解费用过高而遗弃。明治三十年，日本开始重视文物的保护工作，出台了「古寺保存法」。明治四十三年，日本政府拨款九万三千元对姬路城进行了大规模维修，这座历史名城才得以保存下来。