《兜售旅游纪念品的马赛妇女》F0100000069 · 2018年8月14日摄于肯尼亚

在达尔文身处的那个政教合一的年代，进化论对神权是一种挑战和反叛，大逆不道。因此，《物种起源》一出版后便引发了一场轩然大波，达尔文本人也腹背受敌，四面楚歌。

著名天文学家赫歇耳本来是达尔文的朋友，但他不认可达尔文的理论，称其是「胡闹定律」。达尔文在剑桥的老师、地质学家塞治威克也不相信达尔文的理论。他给达尔文写了一封信中，谈了他读这本书的感受，觉得痛苦多于快乐。他对书中有些内容觉得好笑，认为那是完全错误的，毫无科学依据，如同恶作剧一样，令人难堪，并为达尔文感到担忧。不仅如此，塞治威克还发表匿名文章，讽刺达尔文的理论如同是「用一串气泡做成一条坚固的绳索」，显然是不切实际的。美国地质学家和鱼类学家阿加西斯蛮横斥责达尔文，认为他的学说是荒诞的，属于无稽之谈，认为「变异」这个词和达尔文的变异理论，是一个科学上的错误，达尔文所举事实的用意是在恶作剧。

攻击进化论最激烈的是教会。他们对达尔文恨之入骨，称达尔文「是英国最危险的人」。牛津大主教威伯福士四处游说，攻击达尔文的进化论。1860年，牛津大学举行了一场达尔文和威伯福士的公开辩论。达尔文因病没能到会。威伯福士在演讲中大肆煽动宗教情绪，声称《物种起源》是对造物主的极大冒犯，鼓动教徒攻击达尔文。不仅如此，他还对支持进化论的赫胥黎恶语相加，肆意侮辱。他问赫胥黎：「究竟是你的祖父还是祖母，同无尾猿发生了亲属关系？」

尽管如此，达尔文为追求真理而继续他的研究。不久之后，他的第二部著作《人类的起源》问世。