《萨尔斯堡街景》A2203000006 · 2014年7月19日摄于奥地利萨尔斯堡主教广场

第二次世界大战，纳粹德国并吞了奥地利。1938年4月30日，纳粹分子在萨尔斯堡焚书和逮捕犹太人和不同政见者，同年11月9日，也就是臭名昭著的「水晶之夜」，萨尔斯堡的犹太教堂被毁。

1944年至1945年，美国空军在总共15次空袭中摧毁或损坏了萨尔斯堡46%的建筑，其中包括7600间民房，550人在这些空袭中丧生，并导致14563人流离失所。当时受损最严重的是火车站附近地区和中心城区，包括萨尔斯堡主教座堂的穹窿和莫扎特故居。所幸的是，除了主教座堂与桥梁，大部分巴洛克建筑都保存完好，使得萨尔斯堡成为仅存的几座保留了原始的巴洛克风格的城市。

1945年5月4日，美国军队攻占了萨尔斯堡，纳粹德国陆军上校汉斯 · 莱普尔丁格尔没有抵抗就交出了萨尔斯堡。美军任命里夏德 · 希尔特曼为萨尔斯堡市市长，阿道夫 · 舍梅尔为萨尔茨堡州州长，并成立了奥地利社会民主党、奥地利人民党和奥地利共产党。

萨尔茨堡解放后，无家可归的难民、犹太人和旅居国外的德国人蜂拥到萨尔斯堡。1946年12月有约13200个难民从东欧和中欧聚集到萨尔斯堡和周边，为了安置这些难民，萨尔斯堡共建造了8座难民营。战后不久，萨尔斯堡借助「马歇尔计划」和占领当局的经济援助很快便恢复了经济。