《萨尔斯堡街景》A2203000003 · 2014年7月19日摄于奥地利萨尔斯堡

总主教埃贝哈德二世是霍亨斯陶芬王朝的坚定支持者，他在萨尔茨堡的历史上起着至关重要的作用，他在1200年至1246年间将封建贵族的统治权、司法权和城市的管理权集合一身，总主教成为萨尔茨堡的最高统治者，而他由于出色的执政成绩被誉为「萨尔茨堡之父」。此后萨尔茨堡的影响力越发重大，从1322年米尔多夫战役以后，萨尔茨堡开始与相邻的巴伐利亚为敌。1328年，在总主教的授权下，萨尔茨堡逐渐成为神圣罗马帝国内的一个独立国家。1348年至1349年间遭遇黑死病侵袭，萨尔茨堡损失了约三分之一的人口。1481年神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世认可萨尔茨堡享有城市议会和市长的自由选举权。1511年总主教柯茨察赫的莱昂哈德采取强制手段，逮捕萨尔茨堡的市长和议会议员，强迫他们放弃所有城市特权。1524年德国农民战争爆发并蔓延到了奥地利，期间的1525年至1526年，萨尔茨堡也爆发了持续3个月之久的农民和煤矿工人起义，起义农民围攻萨尔茨堡要塞，要求减轻负担、废除农奴制和恢复他们的基本权利。

就在马丁 · 路德发表《九十五条论纲》，开始新教的宗教改革之后几年，萨尔茨堡的大多数市民已经对新教持宽容的态度，加之市民们对总主教韦伦堡的马特豪斯 · 朗格专制统治的不满，1525年的农民战争将市民对新教的同情公开化。在1590年前，萨尔茨堡几乎所有信仰新教的家庭被迫背井离乡，而这些家庭中不足15岁的孩子必须留下来，交由天主教家庭领养。1731年总主教菲尔米安的利奥波德 · 安东制定了所谓的「移民政策」，再次驱逐了2万萨尔茨堡的新教徒，同年的深秋季节，又有4000名女奴和农场工人被逮捕并驱逐，第二年又开始驱逐手工工人和农民，约有四分之一的被驱逐者在放逐的路上死去。直到1740年，幸存的被驱逐者才在普鲁士国王的多次交涉下获得了一部分赔偿。由于驱逐新教徒，萨尔茨堡主教教区的人口大幅减少，造成了灾难性的经济危机。